El municipio de Waterloo (en inglés: Waterloo Township) es un municipio ubicado en el condado de Fayette en el estado estadounidense de Indiana.

En el año 2010 tenía una población de 607 habitantes y una densidad poblacional de 13,67 personas por km².

[2]​ Según la Oficina del Censo de los Estados Unidos, tiene una superficie total de 44.42 km², de la cual 44,42 km² corresponden a tierra firme y (0 %) 0 km² es agua.

[3]​ Según el censo de 2010,[4]​ había 607 personas residiendo en el municipio de Waterloo.

Del total de la población el 1,48 % eran hispanos o latinos de cualquier raza.