El nombre de Tapalapa en zoque quiere decir "Tierra del agua desparramada".
Con una superficie territorial de 66.05 km² ocupa el 0.09% del territorio estatal.
Los tipos de suelos presentes en el municipio son: Phaeozem (73.34%), Luvisol (26.63%), y Leptosol (0.03%).
El municipio se encuentra en la región fisiográfica Montañas de Norte.
Las áreas naturales protegidas estatales que se ubican en el municipio son: Zona Sujeta a Conservación Ecológica Tzama Cun Pümy (101.49 ha).