San Juan del Río es uno de los 570 municipios que conforman al estado mexicano de Oaxaca.

Su cabecera es la localidad de San Juan del Río.

[4]​ El municipio abarca 68.29 km² y se encuentra a una altitud promedio de 1100 m s. n. m., oscilando entre 1000 y 2600 m s. n. m.[1]​[5]​ De acuerdo al último censo, realizado por el INEGI en 2010, en el municipio habitan 1231 personas, repartidas entre 2 localidades.

[1]​ San Juan del Río se rige por el sistema de usos y costumbres, celebrando elecciones cada dos años.

Es el único municipio del estado que realiza comicios en este plazo.