Su cabecera es la localidad de San José Estancia Grande.

El municipio de San José Estancia Grande se encuentra localizado al suroeste del territorio oaxaqueño, pertenece al distrito de Jamiltepec, dentro de la región costa.

El territorio limita al oeste con el municipio de Santo Domingo Armenta, al noroeste con el municipio de Santa María Cortijo, al norte con el municipio de Santiago Llano Grande y al este y sur con el municipio de Santiago Pinotepa Nacional.

El municipio se encuentra formado por tres localidades, las principales y su población de acuerdo al Censo de 2010 son: El gobierno del municipio de San José Estancia Grande corresponde al ayuntamiento, éste es electo por el principio de partidos políticos, vigente en 146 municipios de Oaxaca, a diferencia del sistema de usos y costumbres vigente en los restantes 424, por tanto su elección es como en todos los municipios mexicanos, por sufragio directo, universal y secreto para un periodo de tres años renovables por un periodo inmediato, el periodo constitucional comienza el día 1 de enero del año siguiente a su elección.

El Ayuntamiento se integra por el presidente municipal, un Síndico y un cabildo formado por tres regidores.