[3]​ La principal corriente del municipio es el río Cotaxtla, que proveniente de las grandes montañas de la Sierra de Zongolica desciende sobre la planicie y atraviesa el centro del municipio en sentido suroeste a noreste, existen además otras corrientes como el río Soyolapa y el río Tlalixcoyan.

[5]​ Todo el municipio de Cotaxtla tiene un clima catalogado como Cálido subhúmedo con lluvias en verano,[6]​ la temperatura media anual en todo el territorio se encuentra en un rango de 24 a 26 °C,[7]​ el sector norte del municipio tiene una precipitación media anual de 1 000 a 1 200 mm, mientras que el sector sur registra un rango de 1 200 a 1 500 mm.

[8]​ La flora que se encuentra en el municipio de Cotaxtla es considerada como selva baja caducifolia y secundaria,[9]​ las principales especies animales son conejo, armadillo, zorra y ardilla.

De los 45 hablantes, 5 hablan lenguas zapotecas, 5 idioma mazateco y 5 náhuatl, 1 habla idioma popoluca, y 28 no especifican su lengua materna.

El gobierno del municipio de Cotaxtla está a cargo de su Ayuntamiento, que es electo mediante voto universal, directo y secreto para un periodo de cuatro años que no son renovables para el periodo inmediato posterior pero si forma no continua, está integrado por el presidente municipal, un Síndico único y el cabildo conformado por cinco regidores, dos electos por mayoría relativa y tres por el principio de representación proporcional.