El municipio de Canistota (en inglés: Canistota Township) es un municipio ubicado en el condado de McCook en el estado estadounidense de Dakota del Sur.

En el año 2010 tenía una población de 161 habitantes y una densidad poblacional de 1,74 personas por km².

[2]​ El municipio de Canistota se encuentra ubicado en las coordenadas 43°37′51″N 97°18′28″O / 43.63083, -97.30778.

Según la Oficina del Censo de los Estados Unidos, el municipio tiene una superficie total de 92.41 km², de la cual 92,34 km² corresponden a tierra firme y (0,07 %) 0,07 km² es agua.

Del total de la población el 4,97 % eran hispanos o latinos de cualquier raza.