Hace unos 36 mil años esta región estaba cubierta por las aguas que formaban un inmenso lago.
En 1524 pasó por el lugar Francisco Cortés, en 1530 lo hace Nuño de Guzmán y finalmente en 1540 el Lic.
El vocablo Atoyac, es de origen Náhuatl; en este dialecto se pronuncia “Atoyaque” que significa “Lugar arenoso junto al río", se le han dado otras interpretaciones como “Lugar del río” “Tierra arenosa” y “Rio que baja y es pedregoso”, es muy probable que de ahí surja la palabra castellanizada “Atolladero”, es decir, donde se atora o se atasca.
Hacia el año 1300, la región fue poblada por tribus aztecas, quienes con procedimientos antiguos explotaron la sal de las lagunas del lugar.
El 56.1% del municipio tiene terrenos planos, lomeríos con el 29.4% y un 14.5% compuesto por zonas montañosas que se encuentran en la parte oriente, con el cerro de la Peña; además, sobre la sierra de El Tigre, con las elevaciones: Los Encinos y El Chivato.
La vegetación típica es el pastizal u otras plantas que toleran el exceso de sal.
Los tipos de recursos hídricos del municipio están constituidos por aguas subterráneas, ríos y lagos.
La mayor parte del municipio de Atoyac (48%) tiene clima semicálido semihúmedo.
Los vientos dominantes son en dirección del sur al norte.
La temperatura media mensual conforme a los registros históricos hasta el 2021 del municipio, nos dice que la media anual promedio es de 20.4 grados centígrados (°C), la mínima y máxima promedio anual de 12.1 °C y 28.7 °C.
El venado, el coyote, el tlacuache, el armadillo, el gato montés, la ardilla, el tejón, la víbora de cascabel y el coralillo habitan en esta región.
Comparando este volumen poblacional con el del año 2015 (8,264 habitantes), se observa que la población municipal aumentó un 5.14 por ciento en cinco años.
En niveles inferiores se encuentran el acceso a la alimentación, calidad y espacio de vivienda, así como acceso a servicios de salud con 18, 16 y 9 por ciento en orden.
Mientras que el tercer sector más relevante con estas características es la ganadería con el 7.4% de los asegurados.