En 1813, en seguimiento a lo establecido en la constitución promulgada en Cádiz, España, en el año 1812, el Ayuntamiento de San José pasó a ser una institución de elección popular.
Este hecho marcó un hito importante en la historia de la democracia costarricense, ya que fue la primera vez que los ciudadanos tuvieron derecho a elegir a sus representantes municipales.
Sus funciones tienen total autonomía con respecto al Gobierno Central de Costa Rica.
Sus acuerdos son vinculantes, aunque se encuentran sujetos al poder de veto del alcalde.
[3] Actualmente su presidente es Randall Eduardo Barquero Piedra, del Partido Liberación Nacional.