Tras su fundación, el equipo ingresó a la Zona Norte de la Tercera División, en reemplazo del club Cooferro que le cedió su derecho de participación a la naciente institución.

En 2011 hace uno de sus mejores torneos, llegando al cuadrangular final por el ascenso a Primera División B, pero queda último en esta fase, detrás de Iberia, Fernández Vial y Barnechea, este último que se titularía como campeón y ascendido.

En 2012 la dirigencia armó un plantel competitivo con el objetivo de subir a Segunda División, pero ni siquiera logra pasar a 2.ª ronda, quedándose en la liguilla por la permanencia donde logra su objetivo permaneciendo en Tercera División.

[7]​ Finalmente Mejillones termina su primer año en el profesionalismo con una regular campaña posicionándose en el 11° lugar de la tabla general, salvándose del descenso a Tercera División.

El Estadio Municipal Rolando Cortés Dubó pertenece al municipio de la localidad.