Junejo, un poderoso terrateniente, fue educado en Karachi, después de haber asistido al St.

Sus relaciones con el Presidente Zia-ul-Haq también se agriaron cuando abrió la investigación parlamentaria sobre el desastre del campamento de Ojihri, también en 1988.

El 29 de mayo de 1988, el Presidente Zia despidió al Primer Ministro Junejo, quien presentó cargos por incompetencia y estancamiento económico e inmediatamente convocó a nuevas elecciones generales.

Después de las elecciones generales celebradas en 1988, dirigió su propia facción mientras ocupaba la presidencia del partido ceremonial.

En 1993, según se informa, Junejo sufrió leucemia (una forma de cáncer) y murió mientras se sometía a tratamiento en el Hospital Johns Hopkins en Baltimore, Maryland, Estados Unidos.