Mounir el-Motassadeq llegó a Alemania en 1993, estableciéndose en 1995 en Hamburgo, donde estudió ingeniería eléctrica en la Universidad Técnica de Hamburgo.
Poco se sabe de sus actividades en este momento, pero compartió un piso vinculado con la Célula de Hamburgo, propiedad de Mohamed Atta, con varios inquilinos, cuatro de los cuales serían más tarde acusados por las autoridades estadounidenses y alemanas de dirigir y liderar los atentados del 11 de septiembre.
Cuando los cuatro líderes del 11/9 volaron a Afganistán para entrenar, el-Motassadeq permaneció en Hamburgo.
La policía alemana logró interceptarlo, pero en principio no descubrió ninguna información incriminatoria.
Proclamando su inocencia, el-Motassadeq afirmó que «nunca hubo una célula terrorista en Hamburgo».