Cuando se construyó la EX-108, fueron hallados los restos de una villa romana, El Ladrillar, cerca del río Árrago.

Los romanos incluyeron a Moraleja en la provincia de Lusitania, concretamente en el Conventus Emeritensis.

Las principales localidades romanas más cercanas a la actual Moraleja eran Mirobriga, Caurium y Egitania esta última en Portugal identificada como Idanha-a-Velha , pasando por la actual Moraleja la Vía Dalmacia, calzada romana que desde Alcornetar (Vía de la Plata), unía estas dos primeras localidades, entre otras.

Alfonso IX de León reconquistó la Transierra a comienzos del siglo XIII.

En 1791 contaba con 170 vecinos, de los que 110 eran jornaleros, 50 labradores, 2 zapateros, 2 sastres, 2 carpinteros y 1 herrero.

Literalmente volcada hacia la carretera Moraleja da la espalda a sus raíces arquitectónicas y muestra al visitante que se dirige a la Sierra una imagen de desarrollismo propia de los años 70, lo cual consigue, cómo consuelo, reforzar el entusiasmo del turista al contemplar lo que le espera unos kilómetros más adelante.

La población de Moraleja tuvo un crecimiento estable desde principios del siglo XX, pero fue en los años cincuenta, con la construcción del embalse de Borbollón cuando la población dio un gran salto, llegando a duplicarse en 1960.

Hasta 2009, Vegaviana era una pedanía del municipio, la más grande de ellas, con 800 habitantes aproximadamente, pero fue en ese año en el que se separó y se hizo independiente, incluyéndose en su nuevo término fincas como La Mata, La Quinta y parte de Porciones.

Dentro de la comunicación por carreteras, la principal que atraviesa la localidad es la EX-109, aunque por el sur discurre la EX-117.

[8]​ El municipio cuenta con un equipo de fútbol que en la temporada 2010-2011 juega en la Regional Preferente, el Moraleja Cahersa.