Las montañas Kaiser son drenadas, en el oeste, por el río Sparchenbach, que fluye a través del valle de Kaisertal y luego desemboca en el Inn; al este, son drenadas por el Kaiserbach, que atraviesa el Kaiserbachtal y desemboca en el río Großache, que a su vez desemboca en el lago Chiem; al norte, por el río Weissenbach y al sur, en la zona oeste del paso de Ellmauer Tor, por el río Weissach, que también desemboca en el Inn; y al este del Ellmauer Tor, por el Goinger Hausbach y el Rettenbach, los cuales desembocan en el Reither Ache, otro afluente del río Großache.

En el extremo oeste de la cordillera se encuentra el lago Hinterstein, propicio para el baño.

La zona forestal está formada principalmente por bosques mixtos de hayas, abetos y píceas.

Se encuentran pastizales hasta las cumbres y también hay varios humedales típicos.

Las aves típicas son el mosquitero silbador, un tipo de papamoscas papirrojo endémico del Tirol del norte, la chova piquigualda, el cuervo, Ptyonoprogne, el carbonero montano, el pardillo alpino, el acentor alpino, el treparriscos, el gallo lira común, el urogallo común y la perdiz nival.