La ciencia de los lagos Kelimutu es relativamente bien conocida.
Los colores del lago cambian periódicamente debido a ajustes en el estado de oxidación-reducción del fluido de cada lago, y también considerando la abundancia de diferentes elementos principales, como hierro y manganeso.
El estado de oxidación-reducción depende del balance del aporte de gas volcánico y la tasa de lluvia, y se cree que está mediado por el sistema de agua subterránea en el propio volcán.
Los colores en los lagos cambian independientemente el uno del otro, ya que cada uno tiene su propia conectividad única a la actividad del volcán subyacente.
Aunque se cree ampliamente que los cambios son impredecibles, es más exacto decir que la falta de un monitoreo regular del sistema volcánico impide que los científicos tengan los datos necesarios para impulsar modelos predictivos ampliamente disponibles.