Participó como obispo en el Concilio Vaticano II, al que luego criticó por considerarlo como una ruptura con la tradición de la Iglesia católica.

Inmediatamente, la Congregación para los Obispos de la Santa Sede emitió un decreto declarando que la consagración era un acto cismático y que, en consecuencia, tanto él como otros obispos participantes en la ceremonia, habían incurrido en la excomunión automática,[1]​[2]​ de acuerdo con el derecho canónico.

Habiendo madurado en él la idea misionera y siguiendo los pasos de su hermano René, se unió a la Congregación del Espíritu Santo.

En 1939 regresó a Francia, pero durante el trayecto se declaró la Segunda Guerra Mundial.

Al poco de desembarcar fue movilizado y enviado, esta vez como soldado, a África.

El arzobispo Lefebvre fue uno de los padres conciliares y pudo constatar lo conflictivas que estaban siendo sus sesiones.

Con ese razonamiento, no secundó el pedido que se le hiciera de cerrar el seminario y dispersar a los seminaristas, a los cuales prosiguió formando hasta las puertas del sacerdocio.

El papa Juan Pablo II afirmó públicamente que Lefebvre incurrió en excomunión latae sententiae, al realizar un acto formalmente cismático.

El problema entre la Santa Sede y la Fraternidad San Pío X es, por tanto, de materia disciplinar, no dogmática.

En opinión de Lefebvre, hay tres posturas que se abren paso dentro del catolicismo a través del Concilio Vaticano II y que hasta ese momento no solo contradecían la doctrina uniformemente profesada por la Iglesia católica, sino que incluso estaban condenadas: Estos tres principios se correspondían, según Lefebvre, con los principios masónico-liberales de la Revolución Francesa, representados por el lema «libertad, igualdad, fraternidad».

Juan Pablo II es ante todo un político filocomunista al servicio de un comunismo mundial con tinte religioso.

Ataca abiertamente a todos los gobiernos anticomunistas y no aporta con sus viajes ninguna renovación católica».

Lefebvre también rechazó con vehemencia los ritos litúrgicos aprobados por el papa Pablo VI, realizando una crítica virulenta hacia los mismos, llegando incluso a dudar de que esos ritos pudieran transmitir la gracia sacramental: Según algunos objetores de monseñor Lefebvre, la negación de la validez y ortodoxia del Concilio Vaticano II sería en sí misma antitradicional, ya que contradiría la fe en que los concilios de la Iglesia están protegidos por el Espíritu Santo.

De acuerdo con José María Iraburu, oponerse al Vaticano II sería contrario a la tradición de la Iglesia; afirmar que no es un concilio ortodoxo, implicaría sostener que el Espíritu Santo no tomó parte en él, y que, por tanto, el papa Juan XXIII habría cometido un error al impulsarlo, y Pablo VI otro al aprobar sus decretos.

Entre los autores que respondieron a las objeciones planteadas por los seguidores de Lefebvre, afirmando la continuidad y ortodoxia del Concilio Vaticano II, pueden citarse el P. José María Iraburu,[33]​ Fernando Arêas Rifan,[34]​ P. Buela,[35]​ o el P. William G.

[40]​[41]​ En ese mismo sentido se pronunció Juan Pablo II, que incidió además en el carácter «vivo» de la Tradición,[42]​ mientras que el cardenal Ratzinger manifestó que la postura de Lefebvre era «ilógica y descabellada» por pretender limitar la obediencia al Papa solo hasta Pío XII y afirmó que la solución a este caso era «mostrar el verdadero rostro del Concilio» frente a «la arbitrariedad y la imprudencia de ciertas interpretaciones posconciliares».