Cuando murió don Álvaro fue enterrado en la capilla mayor, delante del altar, en un sepulcro que había labrado el entallador Diego de Flandes, en 1512.
Su composición es muy sencilla; se reduce a un arco de medio punto, enmarcado por unas pilastras cajeadas y por un amplio entablamento que termina en un frontón triangular.
Se remata la portada con una figura, que tiene una calavera a su lado, probablemente una alegoría de la muerte.
La coloración clara y la ligereza de la decoración hacen que pueda incluirse, con reservas, en la estética rococó.
En la actualidad, la iglesia está abierta al culto y puede visitarse, quedando el resto del edificio restringido para la clausura de las monjas.