La fundación del monasterio se debe a Alonso de Peralta, contador del rey Felipe II como complemento al hospital homónimo existente en la misma calle.

La iglesia era pequeña y no contaba con una gran riqueza artística.

[5]​ En la capilla mayor de su iglesia se encontraba el sepulcro del fundador realizado en alabastro y jaspe.

Iacet Ildephonsus a Peralta de nobilis Peraltarum styrpe et Catenis, qui celebs et caste vixit, et in honorem D. Annae Coenobium istud Cisterciense ex B. Bernardus cum annuis reditibus fundavit, Virginibusque ex familia proventivus in annos singules non paucis consuluit, quarum electionem Patrono, perpetuo commendauit, et Abbati executionem.

Miro por el bien de las doncellas de su linaje, dejándolas para su remedio una no pequeña renta cada año, dejando su elección al patrono [del monasterio] y la ejecución al Abad.