El santo falleció el 2 de junio de 1163 y su obra no terminó con su muerte, sino que continuó durante años para poder consolidar el complejo monacal con el que hoy nos encontramos.

En 1431 se encontraba en muy mal estado, habitándolo tan solo tres monjes.

[4]​[5]​ Los dos sepulcros que se encontraban en la capilla de San Nicolás fueron trasladados a la iglesia en 1964.

Ambos románicos, el sepulcro con los restos del santo carece de ornamentación, mientras que el que se utilizó vacío para evitar expolios aparece totalmente decorado con figuras y escenas en relieve.

En el Museo del Retablo de Burgos se expone un pequeño (13 cm.)