La cabecera municipal, con el mismo nombre, se ubica en la margen del río San Juan del Oro, y tiene una población de 119 familias (2010).

[1]​ Se sitúa a corta distancia de la frontera con la Argentina.

La localidad de Mojinete, se ubica en una ladera muy cercana al río con topografía de pendientes fuertes y escarpadas.

Se encuentra al extremo sur del altiplano, teniendo un relieve de tierra alta y ondulada, con volcanes que sobresalen irregularmente y altitudes que oscilan entre los 3.800 y 5.820 m s. n. m. En la localidad de Mojinete las viviendas son del tipo rústico rural-campesino cuyo centro habitacional es un patio, del cual se distribuye el acceso a los cuartos habitacionales.

La cocina y baño en su generalidad están separados del grupo de habitaciones.