Se usa en hidrogeología para simular el flujo subterráneo de cualquier acuífero.
El programa es de código libre, escrito principalmente en Fortran, y puede ser compilado y corrido en los sistemas operativos DOS, Windows o Unix.
Desde que el modelo original fue desarrollado en los años 80[1] el Servicio Geológico de los Estados Unidos lo considera como un código estándar para simulaciones de acuífero.
La ecuación parcial diferencial que gobierna el flujo de agua subterránea y usada en MODFLOW es la ecuación general de flujo en régimen transitorio en medio heterogéneo y anisotropico: Donde La forma de la diferencial parcial por diferencias finitas en un espacio discretizado del dominio del acuífero representado por filas, columnas y capas es: donde (SEAWAT-2000 es una versión modificada del MODFLOW-2000 la cual está diseñada para flujo y transporte de agua subterránea dependiente de la densidad.
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