[4]​ Si bien muchos usuarios de Misskey residen en la instancia más famosa misskey.io, la naturaleza abierta del software permite a cualquiera alojar su propio servidor (o «instancia») de Misskey.

[5]​ Misskey utiliza el protocolo ActivityPub para la federación, permitiendo a los usuarios interactuar entre sí.

En 2018, Misskey agregó soporte para ActivityPub, convirtiéndose en una plataforma de redes sociales federada.

Deberá usar otra instancia, si quiere seguir a personas que se encuentran en Misskey.io.

La API de Misskey está disponible públicamente y está documentada utilizando la Especificación OpenAPI, que permite a los usuarios crear cuentas automatizadas y usarlas en cualquier instancia de Misskey.

Las notas están limitadas a un máximo de 3000 caracteres (un límite que se puede personalizar según las instancias) y pueden ir acompañadas de cualquier archivo, incluidas encuestas, imágenes, vídeos y audio.

Los únicos que pueden añadir nuevos iconos para las reacciones son los administradores de la instancia.

Si un usuario quiere añadir un icono deberá ponerse en contacto con su administrador/a de instancia.

Muchos usuarios criticaron los cambios y, como resultado, migraron a otras redes sociales.

[22]​ Tenga en cuenta que Misskey no proporciona oficialmente una aplicación para iOS o Android, y recomienda a los usuarios que agreguen la aplicación web progresiva incluida en su instancia a sus dispositivos móviles.