En 1631, la mayor parte de las reducciones fueron asediadas y destruidas por los bandeirantes paulistas o mamelucos.Pese a la formación de milicias nativas organizadas y entrenadas por los jesuitas de vocación militar, las hostilidades obligaron a replegarse nuevamente hacia el este, a su ubicación actual, en donde en 1696, tras haber tenido diversos emplazamientos que fueron abandonados más tarde, se restableció definitivamente.En la actualidad San Ignacio Miní es la mejor conservada de las misiones en territorio argentino.En la construcción de San Ignacio se empleó la piedra local, el asperón rojo, en grandes piezas.Sitio en donde se mantiene una comunidad de descendientes de guaraníes, allí se pueden observar algunas de sus auténticas artesanías y recorrer establecimientos yerbateros y otros cultivos, como ser lo cultivos de la káa-hée, estevia, o "hierba dulce" (una alternativa al azúcar y a los edulcorantes artificiales).
