La Misión de San Pedro Mártir fue fundada por el misionero dominico Cayetano Pallas[1] y fuego atendida el sacerdote José Loriente el 27 de abril de 1794, en la cordillera la Sierra San Pedro Mártir en Baja California, México.
El primer sitio de la misión era Casilepe; más tarde en el mismo año este fue reubicado a Ajantequedo, aproximadamente 13 kilómetros al nordeste.
La fecha del cierre de la misión es un poco incierto, entre 1806 y 1824.
Las exploraciones arqueológicas han localizado rastros posibles del primer sitio de misión.
Las fundaciones y las paredes sobreviven en el segundo sitio de misión.