Su estilo barroco en la portada es un intento de resurgimiento, ya que fue de las últimas construcciones del estilo que se hicieron en el territorio de Nueva España.
La construcción de esta misión se atribuye a fray Junípero Serra.
El conjunto arquitectónico consta con un templo con planta de cruz latina con coro y transeptos, torre baptisterio, sacristía, claustro, portal de peregrinos, atrio con cruz, capillas pozas y huerto y cuya disposición arquitectónica de los espacios difieren respecto al de las demás misiones.
Su exuberancia ornamental es de estilo barroco salomónico y estípite.
Consta de tres cuerpos rematados por un gran florón y está profusamente ornamentada con motivos vegetales.