[1]​ Actualmente la localidad cuenta con unos 250 habitantes aproximadamente y forma parte administrativamente del municipio de Teniente Esteban Martínez, ubicado a unos 147 kilómetros de distancia.

Cercano al poblado también pasa la ruta PY12, encontrándose en el desvío del km 392, cerca de Fortín General Díaz.

[2]​ La localidad también es llamada como Misión Escalante, debido a la Laguna Escalante, un pequeño cuerpo de agua dulce que se encuentra en sus cercanías.

El clima en Misión San Leonardo se puede categorizar como clima semiárido cálido según la clasificación de Köppen, uno de los climas más extremos del Paraguay, presentando máximas que llegan hasta los 46 °C a la sombra en verano y en invierno mínimas de hasta −7 °C.

[9]​ En la frontera misma con Argentina se encuentra la zona conocida como Fortín Pilcomayo o Fortín Nuevo Pilcomayo, a orillas del extinto cauce del Río Pilcomayo, cuyas aguas ya no pasan por esta zona desde hace años.