La organización envió su primer grupo en noviembre de 1942, a Bolivia.
Poco después, se estableció un «boot camp» (centro de formación misionera) en «Fouts Springs», California.
El segundo avión comprado por NTM se estrelló en noviembre del mismo año en el Monte Moran en Parque nacional de Grand Teton (Wyoming), cuando traía misioneros del extranjero, matando a las 21 personas a bordo, incluyendo cónyuges, varios niños y a su fundador, Paul Fleming.
[7] Sin embargo, una carta de protesta firmada por el Obispo Trevor Huddleston, lord Avebury, presidente del Grupo Parlamentario de Derechos Humanos, el Rabino Richard Rosen y Robin Hanbury-Tenison, Presidente de «Survival International», reclama a la Misión poner fin a sus actividades controversiales y respetar la religión tribal y la cultura.
Tienen interés en los recursos naturales de Venezuela.» ... «En resumen: los textos que usan en las escuelas indígenas favorecen el modo de vida y la cultura norteamericana, sólo divulgan los símbolos patrios anteponiéndoles valores foráneos y colocan al indígena de espaldas a su realidad territorial, religiosa y cultural».
Muchos ayoreo murieron en estos encuentros y otros sucumbieron más tarde a causa de enfermedades.