Su nombramiento como Jefe del Estado Mayor del Ejército se produjo cuando su predecesor, el Presidente General Muhammad Zia-ul-Haq, murió en un accidente aéreo el 17 de agosto de 1988.

[1]​ Como resultado de las elecciones generales, Nawaz Sharif fue elegido Primer Ministro en 1990, pero se enemistó con Beg cuando éste recomendó apoyar a Irak durante la Guerra del Golfo.

[2]​ Poco después, en 1991, el Presidente Ghulam Ishaq Khan denegó la prórroga a Beg, que fue sustituido por el general Asif Nawaz como jefe del Estado Mayor del Ejército.

[4]​ La etapa posterior a su jubilación se ha caracterizado por las controversias: en primer lugar, Beg fue acusado de desempeñar un papel interno en el accidente aéreo en el que murió el presidente Zia y,[5]​[6]​ en segundo lugar, fue citado ante la Corte Suprema de Pakistán en 2012 por su presunto papel en la concesión de financiación a los políticos conservadores frente a los del Partido Popular de Pakistán durante las elecciones generales celebradas en 1990.

[17]​ A su llegada y tras observar los despliegues y las acciones militares, el teniente coronel Beg se mostró muy crítico con la estrategia del general Niazi y, con el tiempo, se enzarzó en agrias discusiones con el personal del general Niazi en Dacca, ya que se había mostrado muy crítico con la injerencia de las fuerzas armadas en los acontecimientos políticos de Pakistán Oriental.

[17]​ En 1971-72, obtuvo su maestría en Estudios de Guerra, defendiendo y publicando su tesis, titulada: "A journey of pain and fear" que proporciona un análisis crítico del terrorismo patrocinado por el estado y sus efectos en las posiciones geo-militares de los países.

[24]​ En 1985, el General de División Beg fue ascendido a tres estrellas y nombrado Comandante del XI Cuerpo de Ejército, con base en Peshawar, que participaba en la guerra indirecta con el ejército soviético en Afganistán desde 1980.

Junejo hizo uso de su prerrogativa para nombrar al teniente general Mirza Aslam Beg jefe adjunto del ejército por sus méritos, a pesar de que el presidente Zia quería al teniente general Zahid Ali Akbar, que fue enviado a DESTO.

[29]​ Finalmente, el general Beg sucedió al presidente Zia como nuevo jefe del ejército y al mando del mismo cuando éste falleció en un accidente aéreo el 17 de agosto de 1988.

[31]​ Los militares estadounidenses consideraban a Beg un "general impredecible" con el que no se podía contar para mantener una estrecha cooperación militar con Estados Unidos como hizo Zia en la década de 1980.

[30]​ El Pentágono había comentado que Beg era "un soldado profesional" sin ambiciones políticas, pero de mentalidad independiente e impredecible.

[30]​ En contra de la percepción popular de que debía asumir el poder, Beg apoyó a Ghulam Ishaq Khan como presidente y, en última instancia, convocó nuevas elecciones generales que dieron lugar a un traspaso democrático y pacífico del gobierno al Partido Popular de Pakistán (PPP) con Benazir Bhutto como primera ministra.

[32]​ Beg no consultó a ninguno de sus comandantes de cuerpo ni a los oficiales principales del Estado Mayor (PSO) y llamó al jefe del Estado Mayor Naval, almirante Iftikhar Sirohey, y al jefe del Estado Mayor Aéreo, mariscal jefe del Aire Hakimullah, para discutir brevemente el asunto y, a las tres horas de la muerte del general Zia-ul-Haq, restauró la Constitución y entregó el poder a Ghulam Ishaq Khan.

[33]​ Mirza Aslam Beg recibió el respaldo de la primera ministra Benazir Bhutto, que confirmó su nombramiento de cuatro estrellas como jefe del Estado Mayor del Ejército hasta 1991, cuando fue sustituido por el general Asif Nawaz.

[34]​ A diferencia del general Zia, Beg inició un programa masivo de revaluación y formación educativa para los oficiales entre servicios.

[37]​ Diversos escritores cuestionaron en gran medida su idea de "profundidad estratégica", cuyo objetivo era la transferencia del mando científico militar de Pakistán en el denso Afganistán, frente a la guerra con India.

Beg respaldó plenamente la campaña militar contra Irak dirigida por Estados Unidos.

[43]​ En una sesión informativa ofrecida a la primera ministra Benazir Bhutto y al presidente Ghulam Ishaq Khan, Beg mantuvo la valoración de que una vez que se uniera la batalla terrestre con el ejército iraquí, éste derrotaría y repelería ampliamente al ejército estadounidense.

[50]​ En 2017, la segunda demanda presentada contra el Primer Ministro Nawaz Sharif le ha relacionado cuando Just.

Gulzar, en su veredicto final, dice:[51]​ A nivel internacional, Beg fue muy criticado por su presunta implicación en el programa nuclear de Irán.

[35]​ Anteriormente, Beg había calculado que dicha cooperación con Irán era popular y que, Arabia Saudí y los árabes del Golfo Pérsico eran menos populares como clientes estadounidenses en la región.

[54]​ El general Beg había animado al Dr. Abdul Qadeer Khan a proliferar la tecnología hacia Irán y Corea del Norte.

Zia estaba profundamente comprometido con los árabes, especialmente con Arabia Saudí, para crear un freno que contuviera la influencia iraní.

[54]​ Según Ahmad, el primer ministro Nawaz Sharif se escandalizó de que Beg hubiera firmado un acuerdo nuclear secreto con Irán sin decírselo; por ello, el primer ministro anuló la cooperación y reforzó la vigilancia de seguridad sobre A.Q.

[54]​ En ese momento, sin la señal verde del presidente Zia-ul-Haq, Beg se puso en contacto con el Dr. A.Q.