[2]​ Antes del triunfo de la revolución cubana en 1959, existía el Ministerio de Comercio, encargado del comercio interior y exterior, precios, inspecciones, y patentes e invenciones, además de realizar registros mercantiles y de compañías anónimas.

Al nuevo ministerio se le incorporaron la administración de «almacenes de víveres, tejidos, calzados, ferretería y medicina, así como tiendas por departamentos, establecimientos de víveres al detalle, joyerías, ópticas y droguerías, entre otras», que hasta ese momento dependían de la Oficina Comercial del Instituto Nacional de Reforma Agraria.

[3]​ Por su parte, el área de comercio exterior pasó al nuevo Ministerio del Comercio Exterior y la Inversión Extranjera, creado por la ley 934.

[4]​ Tras una auditoría en 2006, el ministerio anunció que se detectaron «anormalidades» en el 90 % de las empresas estatales y que el organismo dejó de percibir en ese año unos 185 millones de pesos cubanos (equivalente en ese entonces a unos 8,3 millones de dólares estadounidenses) por «pérdidas y faltantes».

[8]​ En 2013, el ministerio aprobó un financiamiento para importar herramientas y materias primas para potenciar actividades de los trabajadores cuentapropistas.