El Ministerio de la Ciencia, Tecnología y Enseñanza Superior (Ministério da Ciência, Tecnologia e Ensino Superior) (MCTES) es el departamento gubernamental de Portugal responsable de la Ciencia, Tecnología y Enseñanza superior.
El MCTES tiene su origen en el Ministerio de la Ciencia y Tecnología, creado en 1995.
En 2002, pasó a tutelar la enseñanza superior - hasta entonces competencia del Ministerio de Educación - pasando a designarse "Ministerio de la Ciencia y la Enseñanza Superior".
Después de eso, a pesar de mantener las mismas competencias, cambió varias veces de nombre - al cambiar el ministro titular - pasando a "Ministerio de la Ciencia, Innovación y Enseñanza Superior" en 2004 y "Ministerio de la Ciencia, Tecnología y Enseñanza Superior" en 2005.
En 2011 la investigación científica acompañó a la enseñanza superior en la vuelta al Ministerio de Educación y Ciencia.