El es responsable de la regulación del sistema de sanidad en Azerbaiyán.
El ministerio realiza los programas estatales en la esfera de la protección de salud y la asistencia médica.
Primer ministro de salud fue Khudadat Rafibekov, un cirujano experto azerbaiyano.
Actualmente el Ministerio se funciona por el reglamento del Ministerio confirmado por la decisión del presidente de Azerbaiyán del 29 de diciembre de 1998.
Entre las instituciones científicas de investigación se existen institución de Profilaxis Médica, institución de enfermedades oculares, institución de hematología y transfiziología, institución de enfermedades pulmonares, institución de ginecología, institución de pediatría, institución de cardiología, institución de rehabilitación médica, institución de ortopedia, institución de medicina clínica, el centro nacional oncológico y el centro científico de artrología.