A lo largo de su existencia, la Milicia Ustacha experimentó diversas reorganizaciones en su estructura, que se expandió para incluir a todos los elementos armados del gobierno del NDH que no formasen parte de la Guardia Nacional Croata, la Armada y la Fuerza Aérea.

El número de tropas irregulares ustachas a lo largo del NDH se calculaba entre los veinticinco y los treinta mil hombres.

[3]​ Tanto las unidades ustacha regulares como las irregulares pronto participaron en atrocidades contra serbios, judíos, gitanos y todos los opositores reales y supuestos del régimen ustacha.

Aunque Pavelić era su comandante en jefe titular, en la práctica él no ejerció control sobre sus operaciones militares, ya que en campaña las formaciones y unidades ustacha eran puestas bajo el mando de la Guarda Nacional o de fuerzas del Eje.

La principal tarea de la Einsatzstaffel fue proteger a las comunidades alemanas, especialmente en Eslavonia y Sirmia.

El jefe del Servicio de Vigilancia fue nombrado por Pavelić y respondía directamente ante este.

Esto fue reconocido por el propio Pavelić, que usó, sin embargo, a estos elementos como conveniente chivo expiatorio de las acciones cometidas por el núcleo del movimiento ustacha.

La Legión, que tenía una fuerza de entre mil y mil quinientos hombres, se ganó una feroz reputación al luchar tanto contra los chetniks como contra los partisanos, siendo responsable por masacres a gran escala de civiles serbios.

Los uniformes, equipos y logística parecen haber continuado igual a como eran antes de la fusión.

[17]​ La Milicia Ustacha se distinguía en casi todos los aspectos de la Guardia Nacional Croata, cuyos miembros eran principalmente reclutas.

A pesar de ser indisciplinados, les gustaba luchar y eran decididos en el combate.

[19]​ La Milicia Ustacha cometió muchos abusos y atrocidades contra la población serbia que vivía en el territorio del NDH.

[20]​ Para septiembre de 1941, más de ciento dieciocho mil serbios habían sido expulsados del NDH, se destruyeron o profanaron muchas iglesias ortodoxas y numerosos sacerdotes ortodoxos fueron asesinados o expulsados.

Los campos fueron notorios por la brutalidad, la barbarie y el gran número de víctimas.