Fue el fundador y líder de la Coalición Democrática Eslovaca (en eslovaco Slovenská demokratická koalícia, SDK) y de la Unión Demócrata y Cristiana Eslovaca-Partido Democrático (Slovenská demokratická a kresťanská únia, SKDÚ).

En dichas elecciones fue reelegido como primer ministro, formando gobierno hasta 2004 con el SMK, el KDH y el ANO.

En las elecciones generales de 2006 la SDKU quedó en segunda posición, con algo más del 18 por ciento de los votos, por detrás del Dirección-Socialdemocracia (Smer - Sociálna Demokracia, SMER).

Con la renuncia a formar una nueva coalición de derechas, con el apoyo del partido de Vladimír Mečiar, el Movimiento por una Eslovaquia Democrática, fue nombrado primer ministro el izquierdista Robert Fico, líder del SMER.

Mikuláš Dzurinda es Miembro Honorario de la Fundación Internacional Raoul Wallenberg.