Labaka tuvo una carrera como futbolista profesional durante cerca de 10 años.

Labaka destacó en las filas del modesto equipo azpeitiano con cuyo equipo senior llegó a debutar en la temporada 1996-97 en la Tercera División, a pesar de que el jugador contaba todavía con solo 16 años de edad.

La Real Sociedad de Fútbol, equipo con el que el Lagun Onak está convenido, se fijó en el defensa central y le fichó esa temporada cuando el jugador todavía se encontraba en categoría juvenil.

Tras negociar su rescisión de contrato con la Real, con la carta de libertad en la mano fichó por el Rayo Vallecano, firmando un contrato que le vinculaba al club madrileño durante dos temporadas.

[1]​ Tras expirar su contrato con el Rayo en junio de 2013, anunció su retirada del fútbol profesional.