En 1941, Maltese fue contratado por Leon Schlesinger Productions, que tres años más tarde se convirtió en Warner Bros.
Comenzando a finales de los años 1940, trabajó exclusivamente con el director Chuck Jones, y los dos crearon cortometrajes ganadores del premio Óscar como For Scent-imental Reasons (1949) y el documental animado de seguridad pública, So Much For So Little que ganó ese mismo año el "Oscar al mejor documental corto".
Sus trabajos más famosos son Feed the Kitty (1952), Beep, Beep (1952), Rabbit Seasoning (1952), Don't Give up the Sheep (1953), Duck Amuck (1953), Bully for Bugs (1953), Bewitched Bunny (1954), From A to Z-Z-Z-Z (1954) y Beanstalk Bunny (1955).
También trabajó en One Froggy Evening (1955), la primera aparición de Michigan J. Frog.
Algunos de sus trabajos posteriores fueron Ali Baba Bunny (1957), Robin Hood Daffy (1958), What's Opera, Doc?