En 2007 pasó a trabajar como ayudante de Trifón Poch.
En la temporada 2012/13, la del ascenso truncado a ACB, el CB Lucentum le integró en el cuerpo técnico como ayudante de Rubén Perelló.
Más tarde, tras el descenso del Club Baloncesto Lucentum Alicante a Primera Nacional, Zapata hizo las maletas y probó suerte en Irán.
[1] En verano de 2015, Zapata llegó al Club Baloncesto Lucentum Alicante para hacerse cargo del Sénior B y el Cadete A.
En marzo de 2016, tras la destitución de Kuko Cruza como entrenador del equipo de LEB Plata, Zapata se hace cargo del CB Fundación Lucentum para acabar la temporada 2015-16 y dirigiría al club alicantino durante la temporada 2016-17 en Liga LEB Plata.