Microsoft Virtual Server es más avanzado que Microsoft Virtual PC ya que está dirigido a usuarios de la plataforma Windows Server, mientras que Microsoft Virtual PC está dirigido a usarios de sistemas operativos cliente de Windows.
[1] Por ejemplo Microsoft Virtual PC está orientado a ser usado por un solo usuario mientras que Microsoft Virtual Server está orientado a ser usado por varios.
[1] Además Microsoft Virtual Server soporta virtualizar más variedad de hardware.
Microsoft Virtual Server R2 SP1 permite la virtualización en Intel VT (IVT) y AMD Virtualization (AMD-V).
También dispone del escritor Volume Shadow Copy que crea recuperaciones del sistema operativo virtual en Windows Server 2003 o Windows Server 2008.