Esto permite controlar la profundidad de campo y, además, obtener series de imágenes del espécimen cambiando el plano del foco.Son visibles las regiones que quedan enfocadas, el resto del preparado aparece negro.En ventaja adicional del CLSM es la posibilidad de continuar in situ las dinámicas del proceso como una fase de separación, cualicion, agregación, coagulación, solubilización, etc.Las fases especialmente diseñadas que permiten calentamiento, enfriamiento o mezcla de las muestras dan la posibilidad de simular un alimento procesado bajo un microscopio.[2] En algunos casos solo un par de pasos preparatorios son necesarios para visualizar una muestra en el CLSM esto a menudo se puede aplicar a las plantas naturales donde naturalmente ocurre la fluorescencia (auto-florescencia) puede ser suficiente para generar un contraste.Además, moléculas diferentes pueden ser identificadas simultáneamente en la misma muestra, por detección de fluorescencias específicas distintas.Convencionalmente la transición de luz en imágenes es limitada cuando se aplica a secciones gruesas, por eso las imágenes pueden ser distorsionadas por información fuera de enfoque.Los resultados fueron representaciones no distorsionadas en 3D similares a las pilas confocales de imágenes.
Imagen de CLSM con fluorescencia. Las células fuera de foco aparecen más oscuras o en negro. Se observan mitocondrias (en rojo), núcleos (en azul) y microtúbulos (en verde).
Imagen CLSM multicelular visible mediante inmunohistoquímica. Ganglio mientérico dentro de la pared del intestino; se observan axones terminales del sistema simpático (en verde) y núcleos de neuronas posgangliónicas (en azul).
