Los primeros especímenes fueron hallados en diciembre de 2003, y su descubrimiento como nueva especie fue anunciado en 2013, junto con el Microcebus tanosi.

[3]​ Fue descrito junto al Microcebus tanosi en 2013 por Rasoloarison y otros investigadores (David Weisrock, Anne Yoder, Daniel Rakotondravony, y Peter M. Kappeler) usando la técnica del análisis molecular.

El nombre de la especie, marohita, hace referencia precisamente a este bosque, y significa "muchas vistas" en la lengua Malagasy.

indicaron que no había flujo genético entre estas cuatro especies.

La población del bosque Marohita está considerada una especie distinta utilizando el concepto de metapoblacion.