Der Zakarian dio sus primeros pasos como futbolista en el Vivaux Marronniers Sports, equipo de Marsella, ciudad donde se instalaron sus padres tras su nacimiento.
Posteriormente jugó en el AS Mazargues, antes de llegar al FC Nantes, con el que debutaría en la Ligue 1 en 1981.
Jugó nueve temporadas con les canaris, con los que ganó una Liga y fue dos veces subcampeón.
En febrero de 2007, este fue destituido y Der Zakarian se hizo cargo del primer equipo junto al director deportivo Japhet N'Doram.
Tuvo opciones de lograr el ascenso, pero perdió el último y decisivo partido frente al Athlétic Club Arles-Avignon.
[4] En la temporada 2011-12, el equipo consiguió su récord de puntuación, 58 puntos, pero terminó 5º y no pudo ascender a la Ligue 1.
[7] En la temporada 2013-14, el equipo logró la permanencia con holgura, llegando a ocupar puestos europeos durante la mayor parte de la primera vuelta; situación similar a la experimentada durante la temporada 2014-15, saldada con un 14º puesto final.
[11] Protagonizó un comienzo algo irregular en la Ligue 1 2017-18, pero el equipo francés se situó en la primera parte de la clasificación tras 10 jornadas del campeonato, habiendo logrado buenos resultados frente a los rivales más fuertes del país,[12] y finalizó la primera vuelta en una solvente 7ª posición de la tabla.