Cuando Michael Hooper debutó en Brumbies en 2010, como sustituto del lesionado George Smith, era la primera vez que Smith se ausentaba de un juego después de 60 apariciones y la segunda vez que no afrontaba para los Brumbies desde su debut en 2000.
Luego pasó a jugar todos los juegos restantes en la temporada de los Waratahs de 2014, en el que tuvo grandes actuaciones cada juego, incluyendo la gran final contra los cruzados (unión del rugby).
Hooper ganó el Premio al Novato del año de los Wallabies en el evento anual Medalla John Eales.
En 2013, cuando David Pocock sufrió una lesión en la rodilla al final de la temporada; Hooper jugó en todos los juegos de los Wallabies y tuvo un año excepcional, que le mereció la Medalla John Eales al "Wallabies del año".
Sin embargo, cuando el capitán Stephen Moore abandonó el campo con una lesión en la rodilla en el minuto 5, Hooper se hizo cargo de la capitanía por el resto del juego y anotó un try en el primer tiempo realizando un brillante desempeño contra los franceses, que cayeron por 50-23, en el Suncorp Stadium.