Licenciado en Educación Física y Deporte y con un máster en Entrenamiento de Alto Rendimiento, comenzó a entrenar en 1998 en el Sporting Club de Braga donde permaneció durante 10 temporadas consecutivas, para luego comenzar a actuar como asistente.
En 2006 debutó como técnico en el S C Braga B, en lo que sería el inicio de una carrera como entrenador con paso por diferentes clubes.
La aventura siguió en el Desportivo das Aves, donde Micael Sequeira consiguió los objetivos propuestos por el club en ese momento, haciendo una temporada reseñable para el club durante la temporada 2009/2010 y quedando en 5.º lugar de la II Liga.
Famalicão, Trofense, Freamunde y Merelinense; clubes con los que logró alcanzar los objetivos propuestos para cada temporada.
[6] En este momento, ejerce de primer entrenador en el PFC Lokomotiv Tashkent en Uzbekistán.