La construcción de la mezquita fue financiada con fondos del Estado español en agradecimiento por el apoyo de las tropas musulmanas al bando nacional durante la guerra civil española, por lo que dentro del lugar de culto existe una placa que conmemora su construcción con el agradecimiento de Francisco Franco y con la celebración del “Día de la Victoria” –franquista– y del “año triunfal”.
[1][2] Mulay El Mehdi tiene convenio con la Consejería de Educación y Cultura a través de la guía Ceuta te Enseña, con la Escuela Viajera y recibe a grupos de distintos lugares del mundo.
En su interior se ofrecen conferencias y se dan clases de enseñanza religiosa y de lengua árabe.
En noviembre de 2022, la comunidad musulmana que atiende el templo se ha negado a retirar una placa en honor de Francisco Franco.
Las fachadas son austeras, sólo destaca la principal, a la avenida de África, con un patio delantero, cerrado por una verja, con una entrada en arco polilobulado, mientras que la del edificio es de herradura.