La planta, clasificada como Phragmipedium xerophyticum a su descubrimiento por los biólogos mexicanos Soto Arenas, Salazar y Hágsater, fue identificada como un género separado por Victor A. Albert y Mark W. Chase en 1992, basándose en que posee un ovario unilocular más similar al de las especies del género Paphiopedilum y Cypripedium que de los ovarios triloculares de Phragmipedium.

Esta reclasificación no ha sido universalmente aceptada por todos los autores.

Géneros aliados son Cypripedium, Paphiopedilum, Selenipedium y Phragmipedium.

El nomen triviale "xerophyticum" significa "prefiere las condiciones de sequedad".

Cuando Mexipedium fue descubierta en México, unos cuantos especímenes fueron retirados del medio ambiente para destinarlas a la propagación y evitar de este modo que el saqueo al que se verían sometidas acabara en su extinción.