Esto llevó a la clausura del servicio entre ambas ciudades, mientras que en 1987 se cerró la estación Mapocho, en Santiago.

Funcionaría con salidas diarias desde ambos extremos, y un aumento del servicio en fines de semana.

[3]​ Hacia 1995, el metro vuelve a suspender sus líneas, con el cierre del ramal que unía a las Llay Llay, Panquehue, San Felipe y Los Andes, además del que comprendía las comunas de Quillota, La Cruz y La Calera.

[6]​ El gobierno de Eduardo Frei Ruiz-Tagle dispuso en 1999 la reestructuración total del servicio entre las estaciones Puerto y Limache.

El proyecto, conocido como IV Etapa, implicó la clausura del servicio por varios meses; aunque el sistema no se detuvo hasta prácticamente un par de meses antes de la inauguración del nuevo Metro Valparaíso.

En su reinauguración como Merval, los trenes partían desde estación Puerto, ubicada junto a Plaza Sotomayor en Valparaíso, recorriendo el borde costero y entrando a Viña del Mar entre los cerros Castillo y Recreo.