Es el año 2007, nos encontramos dos años después del incidente de Shadow Moses (narrado en Metal Gear Solid).

Durante estos dos años la tecnología secreta de Metal Gear gracias a Revolver Ocelot ha circulado libremente por el mercado negro.

Como consecuencia han aparecido incontables versiones pirata de Metal Gear por todo el mundo.

Después de enviarlas, el discurso del comandante es interrumpido por Revolver Ocelot, Sergei Gurlukovich y sus mercenarios.

RAY salta y se va del lugar, dejando a Solid Snake flotando en el mar.

Raiden, disfrazado como un terrorista, entra en la habitación en la que están retenidos los rehenes, e identifica a Richard Ames usando un micrófono direccional para detectar el sonido de su marcapasos.

La planta Big Shell es, de hecho, poco más que un camuflaje diseñado para ocultar Arsenal Gear, una gigantesca fortaleza marina.

Arsenal Gear también hospeda una terrorífica arma nueva: un sistema de inteligencia artificial conocido como GW.

Para impedir la puesta en marcha del dispositivo nuclear, Johnson le pide a Raiden que lo mate.

Raiden se niega, pero aparece Ocelot y dispara al presidente, para después irse de una forma tan abrupta como llegó.

Raiden comienza la búsqueda de Emma, pero primero se encuentra con Vamp, al que derrota.

Pero su viaje se ve interrumpido por la súbita reaparición de Vamp, que ataca a Emma.

Raiden abre fuego y mata al sanguinario asesino, pero no puede evitar que Vamp hiera mortalmente a la hermana de Otacon.

Para gran sorpresa de Raiden, Solid Snake se reúne con Mr X., que en realidad es Olga Gurlukovich.

Solidus era su “padrastro”, según sus propias palabras; y deduce que Raiden no puede recordar su pasado porque se ha convertido en un secuaz de los Patriots.

Otacon le cuenta que lo mensajes del Coronel están llegando desde el interior de Arsenal Gear.

El Coronel Campbell y Rose son en realidad IA procedentes del sistema GW.

Se descubre que Solidus es el expresidente de los Estados Unidos, George Sears y en ese momento.

Inconscientemente, todos sus protagonistas han jugado un papel en el Plan S3: una secuencia de hechos orquestada para crear un simulacro, y así perfeccionar guerreros tan eficaces como Solid Snake, cosa que se ve reflejada en como Raiden ha ido mejorando a medida que el incidente avanzaba.

Presa de la ira, Fortune ataca a Ocelot, pero este está equipado con el mismo sistema.

Es aquí donde Solidus le explica a su ex-pupilo que desea acabar con los Patriots ya que al ser un individuo clonado, no podría dejar hijos como descendencia y solamente sería uno más, sin embargo al intentar acabar con los Patriots vería una oportunidad real para quedar en la historia y buscar liberar a su país convirtiéndose así en "Los Hijos de la Libertad" (Sons of Liberty).

MGS2, es una continuación del sigilo instaurado por sus antecesores, donde la idea principal es evitar ser descubierto por el enemigo.

Entre los movimientos nuevos, se agregó la posibilidad de caminar lentamente, lo que permite moverse a hurtadillas sin hacer ruido, la posibilidad de colgarnos por las barandillas para evitar a los guardias o cubrirse en las esquinas, asomarse y disparar mientras nos estamos cubriendo.

Los guardias ahora cuentan con una renovada IA, haciendo que sus acciones sean más coordinadas en equipo, llamando por radio a sus refuerzos para franquear al jugador y cortar sus posibles rutas de escape.