Las tres clases tienen en común su especificidad por residuos básicos (arginina o lisina) en la posición P1.
Por el momento, no se han descrito variantes estructurales en las que la especificidad del sustrato cambie a un residuo ácido (ácido aspártico), como en las verdaderas caspasas.
[2] Esta clase se puede encontrar casi exclusivamente en plantas, con una excepción reciente en la que se encontraron metacaspasas de tipo I y tipo II en el genoma de Monosiga brevicollis ( Choanoflagelado ),[5] posiblemente como resultado de una transferencia horizontal inusual de genes entre dos eucariotas .
El tipo II tiene una distribución filogenética más amplia entre todos los eucariotas, excepto aquellos en los que se han encontrado paracaspasas (animales y moho del limo).
De manera análoga a las caspasas, las metacaspasas inducen la muerte celular programada tanto en plantas como en hongos ( levadura ).