Desde la subida de Sharon al poder, Meretz ha perdido mucho apoyo, debido a la frustración israelí por la violencia desatada en la segunda Intifada que comenzó en el 2000.

La derrota aplastante que Beilin dio a Cohen en la votación fue decisiva al corto plazo, aunque también dio crédito a las protestas, que acusaban a Meretz de no ser un hogar de izquierdas, amplio y multiclasista, sino más bien un club elitista y socioliberal de ricos pacifistas y "buenas almas" como fue peyorativamente apodado en Israel.

Beilin y sus partidarios rebautizaron al partido Meretz-Yajad (Meretz-Juntos) para poner el énfasís en la unidad entre las distintas facciones de la izquierda israelí.

La derrota fue debida a tendencias nuevas en la política israelí, así también cómo los escasos votantes (en Israel no es obligatorio votar en las elecciones), el crecimiento de la comunidad rusofona como un gran poder político, y la caída meteórica de Shinui.

Durante la sesión del 17° Knéset, Meretz decidió elegir de vuelta líder, presentándose cuatro candidatos: Beilin, Cohen, Zehava Gal-On, y Jaim Orón.

Los tres con visiones diferentes de la dirección futura del partido, Cohen concentrado como siempre en asuntos socioeconómicos, Gal-On en derechos humanos, reformas sociales y educacionales, y Oron, en presentar un frente socialdemocrático alternativo de los laboristas.

Pero en diciembre Israel inició la operación militar Plomo Fundido contra Hamás, y la posición zigzagueante de Jaim Orón con respecto al conflicto (al principio apoyó la operación y luego pidió al gobierno frenar la ofensiva y no introducir fuerzas terrestres en Gaza) dibujó un perfil ambivalente del líder de Meretz.

Las elecciones del 11 de febrero fue recibida por Meretz como una derrota humillante; solo tres escaños había logrado su lista.

En el XVIII período parlamentario, Meretz estuvo en la oposición al gobierno dirigido por el Primer ministro de Israel Benjamín Netanyahu.

Una vez que se contaron votos a distancia y de los soldados, sin embargo, Meretz ganó un quinto escaño y Gal-On anunció que seguiría como líder del partido.

En 1996 Meretz perdió tres escaños en la Knéset en una votación en la que la derecha obtuvo un triunfo aplastante, llevando al Gobierno a una coalición liderada por Benjamín Netanyahu.

Meretz ganó doce escaños en la Knéset, pero al contrario del gobierno anterior de Rabin en que participó Meretz, no fue el segundo poder, porque Barak negoció el ingreso del partido religioso ultraortodoxo Shas, convirtiéndose el partido nacional-religioso en otro socio en su gabinete.

Barak creyó que una coalición con Shas ayudaría a mantener la unidad y diversidad en su gobierno.