[2]​[3]​ En los mismos sistemas orográficos de las sierras Pampeanas puntano-cordobesas, en hábitats rupícolas próximos a charcas en mesetas y sierras con pastizales pero a mayor altura (siempre por sobre los 1700 m s. n. m.) habita otra especie del mismo género: Melanophryniscus estebani, la cual hasta antes de su descripción formal para la ciencia en el año 2008 era referida a M. s.

[5]​[6]​ Melanophryniscus stelzneri stelzneri forma parte del conjunto de anuros endémicos de las sierras de Córdoba y San Luis, junto con Hypsiboas cordobae,[7]​ Melanophryniscus estebani,[4]​ Pleurodema cordobae,[8]​ P. kriegi,[9]​[10]​ Odontophrynus achalensis y Rhinella achalensis.

[11]​ Este taxón fue descrito, originalmente como una especie plena, en el año 1875 por el zoólogo neerlandés, nacionalizado argentino, Hendrik Weyenbergh.

Este taxón exhibe una curiosa coloración: bajo un patrón general negro se encuentran salpicadas vivas manchas amarillas y rojas.

[13]​ Para la Unión Internacional para la Conservación de la Naturaleza (IUCN), en cambio, es un “taxón bajo preocupación menor”.