[3]​ Actualmente se reconocen cuatro especies, M. inexpectatus, M. whitehunterensis, M. sanderi y M. kalpokasi, todas conocidas de fósiles fragmentarios.

Las especies más jóvenes vivían en las Islas del Paccífico, concretamente Nueva Caledonia y Vanuatu.

[5]​[6]​ A los diez años, en 1997, Paul Willis describió una segunda especie originaria de Riversleigh en Queensland.

Nombrada M. whitehunterensis, no sólo presentaba considerable separación geográfica, sino también en el tiempo ya que se trataba de un animal del Oligoceno tardío.

[8]​ La especie más reciente es Mekosuchus kalpokasi, nombrada con base en restos fragmentarios en un yacimiento arqueológico de Vanuatu en 2002.

Actualmente sólo se reconocen cuatro especies en el género Mekosuchus: Con la descripción original de Mekosuchus, Balouet y Buffetaut encontraron complicaciones a la hora de determinar las relaciones entre éste y los crocodilos modernos, notando cómo el taxón presentaba una variedad de rasgos basales y derivados que no se alineaban precisamente con ningún grupo moderno.

Willis (1997) sugiere una relación estrecha entre Mekosuchus and Trilophosuchus, con Quinkana como su taxón hermano ,[26]​ mientras que Mead et al.

Se cree que M. inexpectatus tuvo el mayor rango temporal de los tres, originando hará 4,000 años.

Esta especie es conocida exclusivamente de Nueva Caledonia, por lo que es la más cercana al continente australiano.

Si bien no se sabe con certeza si los mekosuquinos poseían adaptaciones o tolerancia para el agua salada, como las glándulas salinas de los cocodrilos modernos, sigue siendo posible que nadasen directamente de isla a isla o que llegasen mediante balsas naturales a la deriva.

Por esto se cree que Mekosuchus sólo comenzó su dispersión en el Pacífico Sur recientemente.