Tras años buscando fórmulas para posicionarse al público, Mekano finalmente alcanzó gran éxito a partir de 2001 gracias a 2 elementos: la irrupción del Axé, ritmo proveniente de Brasil que se transformó en todo un boom musical en Chile gracias a las coreografías del grupo de baile Axé Bahía; en enero de 2002 el grupo abandonó el programa al ser contratados por TVN, [6] siendo reemplazados más tarde con Porto Seguro, que alcanzó un éxito igual o mayor.
Ya para 2002, el programa se consolidó como el más visto en su horario, marcando sintonías por sobre las 30 unidades, lográndose un peak de 52 puntos cuando José Miguel Viñuela se dio un beso con Catalina Palacios quien en ese entonces era parte del Team Mekano, todo un récord para el horario juvenil.
Sin embargo, esto permitió que el programa de TVN Rojo Fama Contrafama, su nueva competencia, se convirtiera en un fenómeno, quitándole el liderazgo del horario y llevando al programa a mínimos de rating no vistos desde hace tiempo.
Las miniseries lograron un gran éxito de sintonía, destacándose Don Floro, Xfea2 y EsCool, que permitieron el rearme del área dramática del canal, que unos años más tarde lanzaría telenovelas como Montecristo y Fortunato.
Sin embargo, conflictos con el director del programa Alex Hernández llevaron a su salida en noviembre de 2005.
La competencia duró por más de siete meses, siendo finalmente vencedora la cantante Valeria Mellado.
Durante el 2007 se desarrolló Mekano: La Akademia [sic], una mezcla entre reality show y concurso (un formato similar a Mekano: El Juego Se Acabó), donde 21 jóvenes debían vivir en el tercer piso del canal, para participar por un departamento.
Con el paso del tiempo, Fernanda Hansen se convirtió en la coanimadora de programa, el cual fue ganado por la cantante Karen Olivier.